もちろん各ハウスメーカー、各工務店、建築家にもよりますが、
一般的にハウスメーカーは工法（ツーバイフォーなどと呼ばれる家の作り方です）が決まっており、間取りや使う材料の自由度が下がります。
そのかわり、大量に生産するため、安くなると言われますが、実際にはモデルルームや広告費などもしっかり確保しているため、大手ハウスメーカーであれば、すごく安い！ということは少ないようです。
土地が変形ではなく、家づくりに時間がない方（半年程度で建てたい）にはハウスメーカーをお勧めしています。

工務店とは、家づくりそのものをする会社です。ですから、設計事務所（建築家）に依頼をした場合でも、最終的には工務店が家づくりをします。
家づくりそのものが得意ですので、工務店によって色々な家のポリシー（自然素材を使う、和風の家づくりをする）を持っているところもあります。中にはハウスメーカーに近い家づくりをしている工務店（自由度が低い）やもありますが、ポリシーが合う工務店が見つかれば、満足する家づくりができると思います。

最後に建築家、設計事務所に頼む、という選択肢です。
建築家はお客さんと二人三脚ですべて自由なところから、家づくりをしていきます。お客さんは「要望や家に込めた思いを伝える人」、建築家はそれを「図面で工務店に伝える人」、と思っていただけるとよいかと思います。
一見、フルオーダーなので金額が高くなるように感じるかと思いますが、予算に合わせて、「ここはこの材料、ここは金額を抑えたこの材料」と、場所によって材料を使い分けたり、DIYを組み合わせる提案をすることで、予算に合うように調整することができます。
また、設計と施工（工事自体のこと）で会社を分けることも大きなメリットがあります。工事が始まったら、工務店の現場監督とは別に建築家は工事管理を行います。
第三者的な目線で工事自体をチェックすることが可能なのです。

長くなりましたが、どこに頼めばよいかも悩んでいるんだ！という場合も一度、ご相談ください。
今までに、家の完成時期や要望などから考えてハウスメーカーをご提案し、一緒にモデルルームを見学に行き、アドバイスをしたこともあります。
戸建てを考えていた方に予算やご要望から中古マンションをリノベーションするというご提案をしたこともあります。

建築家や設計事務所に頼む、と決まっていない方でもお気軽にご連絡ください。

＜参考になるページ＞
家づくり相談あれこれ
⇒設計事務所に依頼するには費用がいくらぐらいかかるのですか？
⇒家づくりはどのように進められますか？
事例レポート：安城の家（愛知県安城市）
事例レポート：北千束の家（東京都大田区）